Преподобный Иоанникий родился в 752 году в небольшом селе Марикати в Вифинии. Его семья была бедной, и родители не могли предоставить образование, поэтому мальчик целыми днями пас стадо — свое единственное достояние. В уединении Иоанникий постоянно молился, осеняя стадо крестным знамением.

Став юношей, он был призван на военную службу к императору Льву IV, где проявил себя как бесстрашный воин, добрый к товарищам и храбрый с врагами. За свою службу он получил множество наград, но вернулся к своему призванию — молитве и уединению. Сначала он провел два года в монастыре, выучился грамоте, изучил церковный устав и привык к послушанию. Вскоре Господь сообщил ему, что пришло время пустынножительства. Иоанникий провел три года в одиночестве в пустыне, где его ежемесячно навещал пастух, принося воду и хлеб. Подвижник молился день и ночь, прославляя Бога, и ему была известна молитва: «Упование мое Отец, прибежище мое Христос, покров мой Дух Святой». Его святой образ наполнял окружающее пространство, и во время молитвы он поднимался над землей, мог ходить по воде. Об этом рассказал его ученик Пахомий, упомянув также о чудесах, которые совершал святой, включая спасение пленников и освобождение острова Фас от ядовитых змей.

На протяжении 70 лет Иоанникий предавался монашеским подвигам, за что его и называют Великим. Он преставился в возрасте 94 лет в Антидиевом монастыре 4 ноября 846 года.